Atomik yapı, bir malzemedeki atomların düzenlenmesini ifade eder. Birim hücredeki atomların sayısı, birim hücredeki atomların konumu ve atomlar arasındaki bağın türü gibi bilgileri içerir. Kristal yapı ise, atomların üç boyutta tekrar eden bir modelde düzenli bir şekilde düzenlenmesini ifade eder. Bir malzemenin kristal yapısı, mukavemet ve süneklik gibi fiziksel ve mekanik özelliklerinin çoğunu belirler.

Farkı düşünmenin kolay bir yolu, atomik yapının tek tek atomlar ve bunların düzenlemeleriyle ilgilenmesi, Kristal yapının ise atomların daha büyük ölçekli, makroskopik 3 boyutlu düzenlemesidir. Ayrıca, kafes tipi (ilkel, gövde merkezli, yüz merkezli), kafes parametreleri (birim hücre kenar uzunluğu ve açıları gibi) ve birim hücre içindeki atomların düzeni gibi çeşitli özelliklerle tanımlanan Kristal yapı, bir dizi temel vektör ve atom koordinatları ile tanımlanabilir.

Özetle, bir malzemenin atomik yapısı, atomik ölçekte atomların dizilişini ifade ederken, kristal yapı, makroskopik ölçekte atomların tekrar eden 3 boyutlu modelini ifade eder.